miRNA主要通過作用于靶基因的3’UTR起作用（降解或抑制翻譯），將目的基因3’UTR（野生型和結合位點突變型）序列構建至載體中報告基因F-Luc的3’端，通過比較過表達miRNA后，報告基因表達的改變（螢光素酶的活性下降還是不變），來確定miRNA與靶基因3’UTR的作用位點。

轉錄因子主要通過作用于靶基因的啟動子起作用，將目的基因啟動子區(qū)序列替換報告基因F-Luc的啟動子，通過共表達轉錄因子后，報告基因表達的改變，來確定轉錄因子與靶基因啟動子結合位點及對靶基因的作用。

● 驗證miRNA同mRNA靶向互作。將靶mRNA的3’UTR序列插入報告基因載體，再共轉入該miRNA，如果螢光素酶活性下降，則提示為其靶序列。 

● 驗證miRNA同circRNA靶向互作。將circRNA序列插入報告基因載體中F-Luc的3’UTR區(qū)域，檢測螢光素酶活性。 

● 驗證miRNA同lncRNA靶向互作。將lncRNA序列插入報告基因載體中F-Luc的3’UTR區(qū)域，檢測螢光素酶活性。

● 啟動子活性分析。將啟動子區(qū)域序列進行分段截短，再分別構建入報告基因載體，檢測其啟動子活性。

● 驗證特定轉錄因子同啟動子的作用。將啟動子區(qū)域插入報告基因載體，同時在實驗細胞中共轉該轉錄因子，分析轉錄因子過表達是否提高螢光素酶活性。 

● 分析信號通路是否激活。將該信號通路的下游響應原件序列構建入報告基因載體，在不同上游信號條件下，螢光素酶活性代表了通路的下游響應。