Stereo-seq基于 DNA 納米球 (DNA Nano Ball，DNB) 開發(fā)，是具有高通量、超高分辨率、大視場(chǎng)的原位全景式技術(shù)，可以實(shí)現(xiàn)同一樣本在組織、細(xì)胞、亞細(xì)胞、分子“四尺度”同時(shí)進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組分析。該技術(shù)通過時(shí)空芯片捕獲組織中的 mRNA，并通過空間條形碼 (Coordinate ID， CID) 還原回空間位置，實(shí)現(xiàn)組織原位測(cè)序，為深入地了解細(xì)胞的基因表達(dá)及形態(tài)與局部環(huán)境之間的關(guān)系建立強(qiáng)大的研究技術(shù)。
在Cell上發(fā)表的“Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays”?；赟tereo-seq的單細(xì)胞分辨率、高靈敏度和大視野，用于生成空間分辨的小鼠轉(zhuǎn)錄組圖譜器官發(fā)生。本文分析了成年小鼠冠狀半腦切片，該切片在原位分析前應(yīng)用了核酸染料，以評(píng)估獲得的信號(hào)與測(cè)序后的 Stereo-seq 數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性。Stereo-seq 檢測(cè)到染料和聚合轉(zhuǎn)錄物的顯著共定位，表明Stereo-seq可以細(xì)胞分辨率剖析成年小鼠大腦；為分析大腦數(shù)據(jù)，團(tuán)隊(duì)還對(duì)Stereo-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行了無監(jiān)督 SCC，以識(shí)別不同的解剖區(qū)域，包括皮層和皮層下區(qū)域，例如海馬、丘腦和紋狀體等，證明了Stereo-seq 可以高靈敏度和大視野的無偏方式在空間上表征復(fù)雜組織的轉(zhuǎn)錄組組織和單個(gè)細(xì)胞類型組成。
