Stereo-seq基于 DNA 納米球 (DNA Nano Ball，DNB) 開發(fā)，是具有高通量、超高分辨率、大視場的原位全景式技術，可以實現(xiàn)同一樣本在組織、細胞、亞細胞、分子“四尺度”同時進行空間轉(zhuǎn)錄組分析。該技術通過時空芯片捕獲組織中的 mRNA，并通過空間條形碼 (Coordinate ID， CID) 還原回空間位置，實現(xiàn)組織原位測序，為深入地了解細胞的基因表達及形態(tài)與局部環(huán)境之間的關系建立強大的研究技術。
在Cell上發(fā)表的“Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays”?；赟tereo-seq的單細胞分辨率、高靈敏度和大視野，用于生成空間分辨的小鼠轉(zhuǎn)錄組圖譜器官發(fā)生。本文分析了成年小鼠冠狀半腦切片，該切片在原位分析前應用了核酸染料，以評估獲得的信號與測序后的 Stereo-seq 數(shù)據(jù)之間的相關性。Stereo-seq 檢測到染料和聚合轉(zhuǎn)錄物的顯著共定位，表明Stereo-seq可以細胞分辨率剖析成年小鼠大腦；為分析大腦數(shù)據(jù)，團隊還對Stereo-seq數(shù)據(jù)進行了無監(jiān)督 SCC，以識別不同的解剖區(qū)域，包括皮層和皮層下區(qū)域，例如海馬、丘腦和紋狀體等，證明了Stereo-seq 可以高靈敏度和大視野的無偏方式在空間上表征復雜組織的轉(zhuǎn)錄組組織和單個細胞類型組成。
