10x Genomics Visium將基因空間表達(dá)可視化，在識(shí)別不同細(xì)胞群的同時(shí)保留空間背景，提供了關(guān)于組織微環(huán)境中細(xì)胞功能、表型和位置關(guān)系的關(guān)鍵信息，為基因表達(dá)和組織復(fù)雜性研究提供了一個(gè)新視角。
將冰凍組織切片放置在10X Genomics Visium芯片的的捕獲區(qū)域內(nèi)，進(jìn)行HE染色和成像后，對(duì)組織切片進(jìn)行透化處理，細(xì)胞內(nèi)的mRNA釋放，從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲，并且每個(gè)探針都帶有特異的地址序列，然后以mRNA為模版進(jìn)行cDNA合成，構(gòu)建文庫(kù)后進(jìn)行測(cè)序，從而能夠獲得基因表達(dá)的位置信息。
Visium空間基因表達(dá)玻片信息
Visium芯片有4個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)區(qū)域大小為6.5mm *6.5mm，每個(gè)spot直徑為55um，包含數(shù)百萬(wàn)個(gè)用于捕獲的oligo探針序列，相鄰兩個(gè)spot點(diǎn)的中心距離為100um。探針序列的結(jié)構(gòu)為：測(cè)序引物結(jié)合序列，16 nt spatial barcoded，12 nt UMI及30 nt oligo-dT序列。
樣本起始量與送樣建議
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組織類(lèi)型 |
樣本收集 |
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OCT包埋冰凍組織/白片/切片 |
制備 OCT包埋冰凍組織塊，建議組織大小為長(zhǎng)×寬不超過(guò) 6.5mm×6.5mm，高度≥5mm；
白片或貼片建議準(zhǔn)備6-13 片（10μm 厚度）。
封裝好用干冰進(jìn)行寄送。 |
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FFPE包埋組織/白片/切片 |
石蠟包埋組織封裝好后，4℃進(jìn)行寄送。
石蠟包埋白片或貼片建議準(zhǔn)備6-13 片（5μm 厚度），4℃進(jìn)行寄送。 |
注意事項(xiàng)：詳細(xì)樣本準(zhǔn)備指南，請(qǐng)聯(lián)系在線(xiàn)客服。
生物信息學(xué)分析內(nèi)容
