10x Genomics Visium將基因空間表達可視化，在識別不同細胞群的同時保留空間背景，提供了關于組織微環(huán)境中細胞功能、表型和位置關系的關鍵信息，為基因表達和組織復雜性研究提供了一個新視角。
將冰凍組織切片放置在10X Genomics Visium芯片的的捕獲區(qū)域內(nèi)，進行HE染色和成像后，對組織切片進行透化處理，細胞內(nèi)的mRNA釋放，從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲，并且每個探針都帶有特異的地址序列，然后以mRNA為模版進行cDNA合成，構建文庫后進行測序，從而能夠獲得基因表達的位置信息。
Visium空間基因表達玻片信息
Visium芯片有4個捕獲區(qū)域，每個區(qū)域大小為6.5mm *6.5mm，每個spot直徑為55um，包含數(shù)百萬個用于捕獲的oligo探針序列，相鄰兩個spot點的中心距離為100um。探針序列的結構為：測序引物結合序列，16 nt spatial barcoded，12 nt UMI及30 nt oligo-dT序列。
樣本起始量與送樣建議
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組織類型 |
樣本收集 |
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OCT包埋冰凍組織/白片/切片 |
制備 OCT包埋冰凍組織塊，建議組織大小為長×寬不超過 6.5mm×6.5mm，高度≥5mm；
白片或貼片建議準備6-13 片（10μm 厚度）。
封裝好用干冰進行寄送。 |
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FFPE包埋組織/白片/切片 |
石蠟包埋組織封裝好后，4℃進行寄送。
石蠟包埋白片或貼片建議準備6-13 片（5μm 厚度），4℃進行寄送。 |
注意事項：詳細樣本準備指南，請聯(lián)系在線客服。
生物信息學分析內(nèi)容
