10x V(D)J 采用TCR/BCR恒定區(qū)的連續(xù)巢式引物對全長cDNA進行擴增，以獲取個體中所有T/B細胞的BCR和TCR的V(D)J全長序列總和。在腫瘤微環(huán)境、感染性疾病、器官移植后排斥、免疫治療等研究領域中有著廣泛的應用。
技術優(yōu)勢
可實現(xiàn)成對的重鏈和輕鏈（B細胞）或α和β鏈（T細胞）的全長測序
精細到單細胞水平，能獲得大量單細胞的免疫組庫數(shù)據(jù)
大規(guī)模單細胞VDJ+表達譜測序，單個細胞成本大大降低
代表性文章
ElhamAzizi, et al. Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment. Cell, 2018,DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.05.060
案例展示
單細胞測序揭示復雜的腫瘤微環(huán)境
研究背景
了解腫瘤微環(huán)境中的免疫細胞表型，對了解癌癥進展和免疫療法的機制是必不可少的。本研究從8名乳腺癌患者的腫瘤樣本及配對的正常血液、乳腺和淋巴結樣本中獲得多個免疫細胞，開展單細胞RNA測序實驗。之后，利用SEQC流程和“Biscuit”算法，對這些組織中的免疫細胞進行聚類和鑒定。
研究思路
本研究總共鑒定出83個不同的免疫細胞簇，包括38個T細胞簇、27個骨髓譜系細胞簇、9個B細胞簇和9個自然殺傷細胞簇。大多數(shù)的細胞簇（除了其中的10個）是不止一名患者所共有的，盡管在腫瘤樣本中的表型往往不同。研究指出，部分T細胞在腫瘤和正常組織中都存在，不過細胞毒性T細胞在腫瘤中更豐富，Treg細胞也是如此。
在一系列后續(xù)實驗中，研究人員利用10X Genomics的方法獲得27,000多個T細胞的TCR-seq和RNA-seq配對數(shù)據(jù)并開展分析。比較了正常組織和乳腺癌組織的免疫組庫，發(fā)現(xiàn)表型擴增往往發(fā)生在乳腺癌微環(huán)境中。
這些觀察結果，以及免疫細胞的RNA-seq和TCR-seq數(shù)據(jù)集和全面的分析平臺，將有助于研究人員更好地了解免疫細胞促進和延緩腫瘤生長背后的分子機制。
參考文獻
ElhamAzizi, et al. Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment. Cell, 2018,DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.05.060
結果展示
1.V-J paired特征分析
V-J paired直接反應出CDR3或免疫組庫的變化，圖中橫坐標為V Gene，縱坐標為J Gene。顏色越深表示V-J paired豐度越高。
2.V/J基因特征分析
對CDR3 V/J基因序列長度分布情況進行統(tǒng)計，圖中橫坐標為CDR3(V Gene)堿基序列長度，縱坐標為對應的clonotype name頻率，不同顏色表示不同V Gene，top10的V Gene用彩色表示，other（灰色部分）表示其他V Gene。
3.Clonotype分型
一個clonotype（克隆亞型）的定義為：一組唯一的CDR3核苷酸序列。Cell Ranger根據(jù)拼接得到的Consensus中的CDR3氨基酸序列進行Clonotype分型，其有效Barcode為該Clonotype的豐度。利用圈圖展示免疫組庫的top10 clonotype頻率分布（clonality）。
