你的慢病毒表達(dá)的LncRNA準(zhǔn)確嗎?
長鏈非編碼RNA(lncRNA)是一類長度大于200個(gè)核苷酸,不具有蛋白編碼能力的線性RNA分子,基因組DNA轉(zhuǎn)錄生成lncRNA后,一些lncRNA在細(xì)胞核內(nèi)發(fā)揮功能,另外一些lncRNA被轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞質(zhì),在細(xì)胞質(zhì)中l(wèi)ncRNA可以調(diào)控mRNA穩(wěn)定性、翻譯效率和干擾蛋白翻譯后修飾。
LncRNA分類
LncRNA根據(jù)其相對(duì)位置在調(diào)控靶編碼基因中發(fā)揮重要作用,根據(jù)其在基因組上與編碼基因相對(duì)位置的不同,可以將lncRNA分為以下幾類(見圖1):1.啟動(dòng)子區(qū)(來自啟動(dòng)子區(qū)域的轉(zhuǎn)錄本);2.內(nèi)含子間(主要產(chǎn)生于編碼基因的內(nèi)含子區(qū));3.雙向(與蛋白質(zhì)編碼基因共享相同的啟動(dòng)子,但轉(zhuǎn)錄方向相反);4.正義鏈(轉(zhuǎn)錄方向與蛋白質(zhì)編碼基因方向相同,存在于同一編碼基因正義鏈,具有重疊的外顯子);5.反義鏈(轉(zhuǎn)錄方向與蛋白質(zhì)編碼基因方向相反,存在于反義鏈,至少有一個(gè)外顯子重疊);6.3’UTR區(qū)(來自3’UTR區(qū)域的轉(zhuǎn)錄本);7.基因間(來自于兩個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因之間的DNA序列)。與mRNA類似,lncRNA也可以存在于細(xì)胞核或細(xì)胞質(zhì)中,但主要位于細(xì)胞核。
圖1 長鏈非編碼RNA分類
來源:Xiaomei Huang et al., Canner Lett. 2018
LncRNA對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控
由于lncRNA的復(fù)雜性和多樣性,不能簡單地根據(jù)其結(jié)構(gòu)或序列來描述其功能,但lncRNA的一個(gè)重要作用是調(diào)節(jié)鄰近蛋白編碼基因的表達(dá)。LncRNA在不同水平上調(diào)節(jié)基因表達(dá):
表觀遺傳修飾
表觀遺傳修飾是指在細(xì)胞核DNA序列不發(fā)生變化的情況下,基因表達(dá)發(fā)生可逆和可遺傳的變化,這種修飾包括染色質(zhì)重塑、DNA甲基化和組蛋白修飾。
1.組蛋白乙?;航M蛋白乙?;倪^程促進(jìn)了基因表達(dá)、蛋白質(zhì)活性或生理過程。
2.染色質(zhì)修飾復(fù)合物的招募:lncRNA將染色質(zhì)修飾復(fù)合物招募到特定的位點(diǎn),介導(dǎo)相關(guān)基因的表達(dá)或沉默。
3.DNA甲基化:通過改變?nèi)旧|(zhì)結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性以及DNA與蛋白質(zhì)的相互作用來控制基因的表達(dá)。
轉(zhuǎn)錄調(diào)控
4.轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié):LncRNA可抑制靶基因轉(zhuǎn)錄因子活性,抑制其基因表達(dá)。如lncRNA的轉(zhuǎn)錄干擾臨近基因的表達(dá);lncRNA通過封阻啟動(dòng)子區(qū)域干擾基因表達(dá);lncRNA與RNA結(jié)合蛋白作用,定位到基因啟動(dòng)子區(qū)調(diào)控基因表達(dá);lncRNA能調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄因子活性,調(diào)控基因表達(dá)。
轉(zhuǎn)錄后調(diào)控
5.可變剪接:LncRNA可以促進(jìn)pre-mRNA和可變剪接因子的結(jié)合,有助于產(chǎn)生成熟mRNA。
6.競爭性RNA:LncRNA可以作為miR海綿,競爭miRNA,然后解除對(duì)靶基因的抑制。
7.蛋白去磷酸化:LncRNA參與蛋白去磷酸化。
8.抑制蛋白降解:LncRNA與蛋白質(zhì)相互作用并抑制其泛素化降解。
圖2 LncRNA在不同水平上調(diào)節(jié)基因表達(dá)
來源:Xiaomei Huang et al., Canner Lett. 2018
LncRNA雖然不能編碼蛋白質(zhì),但可以向下游傳遞信息,調(diào)控基因表達(dá),表明lncRNA可能作為基于RNA的信息庫,具有與蛋白質(zhì)組學(xué)競爭的能力,在疾病診斷和靶向治療中甚至比蛋白質(zhì)更加敏感和特異。因此lncRNA的研究越來越廣泛。
慢病毒包裝系統(tǒng)缺陷
但是,目前l(fā)ncRNA慢病毒包裝系統(tǒng)普遍存在一些問題:
1.慢病毒是RNA病毒,lncRNA的轉(zhuǎn)錄終止需要polyA,而polyA會(huì)導(dǎo)致慢病毒包裝過程中,慢病毒基因組的表達(dá)提前終止,導(dǎo)致慢病毒包裝不成功;
2.常規(guī)慢病毒載體表達(dá)lncRNA,由于不能及時(shí)終止,會(huì)帶有WPRE等無關(guān)序列,從而影響lncRNA的高級(jí)結(jié)構(gòu), 而高級(jí)結(jié)構(gòu)是lncRNA發(fā)揮功能的決定性因素, 這些多余的序列勢必對(duì)lncRNA的功能造成不可預(yù)料的影響;
3.有些lncRNA會(huì)發(fā)生自切割,包裝時(shí),慢病毒基因組也可能因?yàn)閘ncRNA的自切割而發(fā)生斷裂,導(dǎo)致出毒失敗。
針對(duì)以上這些問題,九游會(huì)j9生物推出新升級(jí)慢病毒系統(tǒng)一次性解決以上問題,讓lncRNA精確表達(dá)。
新升級(jí)慢病毒系統(tǒng)優(yōu)勢
1.LncRNA精準(zhǔn)表達(dá)。
2.載體上熒光表達(dá)更亮。
3.改善由于基因引起的不出毒,出毒更穩(wěn)定。
驗(yàn)證結(jié)果:
PCR驗(yàn)證表達(dá)精確:
感染效果圖:
九游會(huì)j9研發(fā)團(tuán)隊(duì)專注于病毒載體及包裝系統(tǒng)進(jìn)行研發(fā),對(duì)慢病毒主要元件進(jìn)行改進(jìn)和優(yōu)化,并獲得相關(guān)授權(quán)專利。
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參考文獻(xiàn)
[1] Xiaomei Huang,Xi Zhou., et al. Advances in esophageal cancer: A new perspective on pathogenesis associated with long non-coding RNAs.Cancer Lett.2018 Jan 28;413:94-101.doi: 10.1016/j.canlet.2017.10.046.
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