慢病毒系列|收下這篇集錦,輕松拿捏慢病毒
?就要做慢病毒實(shí)驗了,卻無從下手?
實(shí)驗前都要做哪些準(zhǔn)備呢?
什么是MOI?選個什么樣的細(xì)胞呀?怎樣提高病毒感染效率?
為什么慢病毒感染后細(xì)胞狀態(tài)變差?熒光不亮又是怎么回事呢?
……
知己知彼才能戰(zhàn)勝九游會j9遇到的問題,跟隨小編來了解一下今天的主角——慢病毒。
九游會j9生物●慢病毒的安全性
九游會j9生物提供慢病毒(Lentivirus)載體是以HIV-1(人類免疫缺陷Ⅰ型病毒)為基礎(chǔ)經(jīng)過人工構(gòu)建的重組慢病毒,不會利用宿主細(xì)胞產(chǎn)生新的病毒顆粒再去感染其他細(xì)胞,且病毒中的毒性基因已被外源性目的基因所取代,屬于假型病毒。操作上相對安全,但在使用過程中仍需要遵守安全使用規(guī)范:
實(shí)驗前:規(guī)范穿著及佩戴實(shí)驗服、手套、口罩和帽子;
實(shí)驗中:在BSL-2實(shí)驗室的生物安全柜中操作,避免對病毒進(jìn)行操作時產(chǎn)生飛濺;
實(shí)驗后:接觸過病毒的耗材需加入84消毒液(10:1)浸泡24h后處理,相關(guān)的廢棄物需要收集統(tǒng)一滅菌,用肥皂清洗雙手;
※若不小心接觸到皮膚,別慌!請立即用大量水沖洗5min,皮膚裸露處可使用酒精噴一下,如有不適請及時就醫(yī)。
九游會j9生物●慢病毒的包裝及侵染細(xì)胞的機(jī)制
九游會j9生物的慢病毒包裝采用三質(zhì)粒或是四質(zhì)粒系統(tǒng)進(jìn)行包裝,將包裝質(zhì)粒、包膜質(zhì)粒以及穿梭質(zhì)粒共同轉(zhuǎn)染至293T細(xì)胞中,通過細(xì)胞的培養(yǎng)上清液純化病毒。慢病毒通過膜融合或內(nèi)吞的方式進(jìn)入細(xì)胞釋放RNA,在逆轉(zhuǎn)錄酶、整合酶等的作用形成DNA整合前復(fù)合體進(jìn)入細(xì)胞核并隨機(jī)整合到宿主細(xì)胞的基因組中,隨后開始轉(zhuǎn)錄翻譯(如圖1)。
貼心tips:如何提高病毒滴度?
1. 293T細(xì)胞處于對數(shù)生長期;
2. 質(zhì)粒濃度大于1mg/mL,且無蛋白、核酸等污染;
3. 于轉(zhuǎn)染后48h和72h兩次收毒,提高病毒的量;
4. 九游會j9生物針對編碼基因,非編碼基因?qū)е碌某龆井惓?,專門開發(fā)了已授權(quán)的專利——Vpack慢病毒包裝系統(tǒng),解決病毒不出毒, 滴度低的問題。
九游會j9生物●慢病毒的滴度檢測
滴度:即單位體積中有感染能力的病毒數(shù)目,單位TU/mL,是活性滴度單位,主要是指能夠感染并進(jìn)入細(xì)胞中的病毒基因組數(shù)量。
常用的滴度檢測方法有:
1. 通過酶聯(lián)免疫吸附測定法對病毒顆粒中的P24蛋白進(jìn)行檢測;
2. 定量PCR對病毒顆粒的RNA拷貝數(shù)進(jìn)行檢測;
(1和2兩種快速檢測方法未考慮到病毒活性,因此是不準(zhǔn)確的)
3. 定量PCR對整合到基因組DNA中的病毒拷貝數(shù)進(jìn)行檢測,可以準(zhǔn)確知道轉(zhuǎn)到細(xì)胞的病毒顆粒濃度(九游會j9生物病毒滴度的檢測方法)
九游會j9生物●提高慢病毒的感染效率
1. 保證細(xì)胞狀態(tài)良好,正常增殖,輪廓清晰;
2. 確定合適的MOI:可查閱文獻(xiàn),獲得目標(biāo)細(xì)胞參考MOI,或進(jìn)行MOI梯度摸索預(yù)實(shí)驗,設(shè)置0/10/20/40/80不同的MOI梯度,在72h后選取感染效率達(dá)到80%左右且細(xì)胞狀態(tài)良好的最小MOI值(較低的MOI可以避免細(xì)胞毒性的產(chǎn)生);
3. 選擇助轉(zhuǎn)劑polybrene,是一種陽離子聚合物,可中和界面電荷促進(jìn)病毒與細(xì)胞膜結(jié)合,有效提高10-30%的感染效率;
4. 若是感染懸浮細(xì)胞,減少病毒感染時的體積,可提高感染效率。將細(xì)胞培板用封口膜密封,水平轉(zhuǎn)子低速離心(<1200g)1h,放回培養(yǎng)箱繼續(xù)培養(yǎng);
5. 若是極難感染的細(xì)胞可采用重復(fù)感染增加感染效率(注意重復(fù)感染間細(xì)胞的狀態(tài))。
※病毒量計算方法:病毒加樣量(μL)=(細(xì)胞數(shù)×MOI/病毒原液滴度)×103
九游會j9生物●慢病毒的使用與保存
慢病毒通常采用干冰運(yùn)輸,若在收到貨后3d內(nèi)使用完,病毒可在4℃短期保存,若長期保存需置于-80℃保存。注意稀釋病毒前,病毒需在冰上融化,用PBS或是培養(yǎng)基稀釋到相應(yīng)的濃度,且避免反復(fù)凍融降低病毒活性,可進(jìn)行適當(dāng)體積的分裝。
當(dāng)你在做慢病毒實(shí)驗時,可能會遇到很多問題,但有很多共性問題是大部分科研人都會遇到的,小編今天就總結(jié)了一些經(jīng)常遇到的問題以及解決辦法,一起來看看吧。
九游會j9生物●慢病毒常見問題
01 什么是MOI?
答:MOI,感染復(fù)數(shù),定義為感染時病毒和細(xì)胞數(shù)量的比值,即平均每個細(xì)胞感染的病毒活性單位數(shù)。也會反映出病毒對細(xì)胞的感染能力,MOI越高,細(xì)胞越難被感染。在實(shí)驗中細(xì)胞感染率達(dá)到80%的MOI定義為這種細(xì)胞的最適MOI。
02 慢病毒感染細(xì)胞后,目的基因或干擾序列的表達(dá)是瞬時表達(dá)還是穩(wěn)定表達(dá)?
答:因為慢病毒具有整合外源序列至宿主基因組中的能力,因此外源序列是穩(wěn)定表達(dá),并隨細(xì)胞的增殖分化一起復(fù)制并遺傳到子細(xì)胞中。
03 慢病毒載體可以作為常規(guī)的過表達(dá)質(zhì)粒進(jìn)行使用嗎?
答:可以,但慢病毒載體骨架較大,整個質(zhì)粒較普通真核載體大,會影響轉(zhuǎn)染效率。
04 病毒感染細(xì)胞后為何狀態(tài)會變差?
答:
1. 病毒感染換液時間不宜超過24h;
2. 外源表達(dá)基因與生命活動有關(guān),影響細(xì)胞狀態(tài);
3. 敏感細(xì)胞,MOI過高會對細(xì)胞造成傷害。
05 過表達(dá)質(zhì)粒/病毒,為什么目的抗體檢測會出現(xiàn)兩條帶?
答:
1. 標(biāo)簽具有一定大。庠幢澩锏牡鞍滓饒讜吹鞍狀笠恍
2. 外源表達(dá)的蛋白與內(nèi)源蛋白表達(dá)后的修飾有所差異,導(dǎo)致蛋白條帶大小不一致;
3. 目的抗體特異性較差,檢測到不同的異構(gòu)體??蓢L試標(biāo)簽抗體進(jìn)行檢測。
06 慢病毒感染細(xì)胞后基因表達(dá)何時達(dá)到峰值?
答:一般的細(xì)胞在慢病毒感染72h左右GFP或外源序列的表達(dá)會達(dá)到峰值,生長緩慢的細(xì)胞達(dá)到峰值的時間會延長。
07 過表達(dá)病毒感染后,為什么目的抗體檢測不到過表達(dá)效果?
答:在保證慢病毒感染效率的條件下,可能存在以下原因:
1. 細(xì)胞目的基因內(nèi)源表達(dá)水平太高會影響外源基因的表達(dá),可通過qPCR檢測本底表達(dá),選擇低表達(dá)的細(xì)胞系;
2. 目的基因與細(xì)胞生長增殖等相關(guān)性較高,過表達(dá)會影響細(xì)胞狀態(tài)、生長、增殖等,細(xì)胞自身調(diào)控作用會抑制目的基因的過表達(dá)效果;
3. 目的抗體靈敏度或特異性不夠,可嘗試標(biāo)簽抗體進(jìn)行檢測,檢測結(jié)果均為外源過表達(dá)的蛋白。
08 干擾慢病毒感染后,為什么目的抗體檢測不到干擾效果?
答:在保證慢病毒感染效率的條件下,可能存在以下原因:
1. 細(xì)胞目的基因內(nèi)源表達(dá)水平太低,很難通過敲減手段使其表達(dá)更低,可通過qPCR檢測本底表達(dá),選擇高表達(dá)的細(xì)胞系;
2. 目的基因與細(xì)胞生長增殖等相關(guān)性較高,敲減會影響細(xì)胞狀態(tài)、生長、增殖等,細(xì)胞自身調(diào)控作用會抑制目的基因的敲減效果;
3. 體內(nèi)敲減在取材時無法保證只取特異性組織或細(xì)胞進(jìn)行干擾檢測,可用原位雜交或是免疫熒光等方式檢測;
4. 目的抗體靈敏度或特異性不夠,可嘗試用qPCR的方法檢測。
09 干擾慢病毒感染細(xì)胞的MOI是否可直接應(yīng)用于過表達(dá)慢病毒實(shí)驗?
答:針對同一家公司的病毒,可以參考原來的MOI值,敏感細(xì)胞可考慮在原MOI值的基礎(chǔ)上,上下選擇1-2個梯度進(jìn)行MOI摸索;若是不同公司的病毒建議重新進(jìn)行MOI梯度摸索預(yù)實(shí)驗。
10 為什么慢病毒感染后的熒光較弱?
答:熒光蛋白的表達(dá)與啟動子、表達(dá)方式、連接元件等有關(guān)
1. 如CMV等強(qiáng)啟動子會使熒光表達(dá)較強(qiáng);
2. 融合表達(dá)可能會導(dǎo)致熒光蛋白的錯誤折疊造成檢測不到熒光信號或信號較弱;
3. 當(dāng)過表達(dá)基因在熒光蛋白上游時,過表達(dá)的基因片段過長或高GC片段會降低下游熒光蛋白的強(qiáng)度,較對照組的熒光弱;
4. 非融合表達(dá)時IRES連接元件下游熒光蛋白明顯弱于上游的目的基因的表達(dá)。
11 慢病毒感染細(xì)胞后2-3周,為什么熒光或過表達(dá)(干擾)效果沒有開始感染時好?
答:隨著細(xì)胞傳代,細(xì)胞內(nèi)部的調(diào)控機(jī)制會使外源序列表達(dá)趨于穩(wěn)定,因此,較感染最初的瞬時效果可能會出現(xiàn)熒光或過表達(dá)(干擾)效果減弱的現(xiàn)象。
12 是否可以在同一穩(wěn)定株中同時過表達(dá)或干擾兩個基因?
答:可以,細(xì)胞可承受條件下,可將兩個基因(靶點(diǎn))構(gòu)建到同一載體上或分別構(gòu)建到兩個載體上,并且兩個載體的真核抗性不同。
……
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