時(shí)間：2023-08-31 熱度：

全外顯子組測(cè)序(whole exome sequencing ,WES)是利用探針雜交富集外顯子區(qū)域的DNA序列，通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行外顯子組測(cè)序，能夠直接發(fā)現(xiàn)與蛋白質(zhì)功能變異相關(guān)的遺傳突變。目前，外顯子組測(cè)序技術(shù)已經(jīng)應(yīng)用到尋找與各種復(fù)雜疾病相關(guān)的致病基因和易感基因的研究中，對(duì)找到疾病的有效預(yù)防和治療策略有重要的意義。同時(shí)外顯子測(cè)序也應(yīng)用在癌癥、正常人群和遺傳性疾病的研究中。

  

組學(xué)促銷
 

九游會(huì)j9生物現(xiàn)推出組學(xué)活動(dòng)促銷（Illumina）

1. 真核有參轉(zhuǎn)錄組（6G）  549元/樣2. miRNA測(cè)序（10M）  1400元/樣3. 全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（15G）  2800元/樣4. 人全基因組測(cè)序（90G） 4500元/樣5. 宏基因組測(cè)序（10G） 800元/樣6. 全外顯子測(cè)序（10G）1300元/樣7. 10*單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組    13800元/樣  

技術(shù)優(yōu)勢(shì)
 

1. 多個(gè)注釋數(shù)據(jù)庫(kù)助力有害突變鑒定、多種篩選方式避免遺漏有害突變

2. 根據(jù)不同的研究目的，設(shè)計(jì)靈活準(zhǔn)確的個(gè)性化分析方案

3. 嚴(yán)格的數(shù)據(jù)質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)，從源頭保證數(shù)據(jù)質(zhì)量的可靠性

技術(shù)流程
 

  

 

高級(jí)技術(shù)流程

 

    

技術(shù)參數(shù)

新鮮培養(yǎng)細(xì)胞：5×10?

新鮮組織：50mg-100mg（黃豆大。

外周血：2-3ml（EDTA抗凝管）

FFPE組織切片：＞10張

石蠟組織塊：＞1cm²

 

應(yīng)用領(lǐng)域


 

  

案例分析

 

1 .全外顯子組測(cè)序鑒定了斑禿患者KRT82基因的變異

 

• 摘要

斑禿（Alopecia areata，AA）是一種復(fù)雜的遺傳性疾病，由于毛囊的自身免疫攻擊而導(dǎo)致脫發(fā)。九游會(huì)j9之前在九游會(huì)j9早期的GWAS和連鎖研究中定義了罕見(jiàn)和常見(jiàn)變異的作用。在這里，九游會(huì)j9使用全外顯子組測(cè)序和基因組水平的遺傳負(fù)荷分析方法，對(duì)849名斑禿患者和15640名對(duì)照組進(jìn)行了比較，確定了導(dǎo)致斑禿的罕見(jiàn)變異。KRT82在51例斑禿雜合個(gè)體(6.01%)中被鑒定為具有罕見(jiàn)破壞性變異的斑禿風(fēng)險(xiǎn)基因。KRT82編碼一種毛發(fā)特異性II型角蛋白，該蛋白在毛發(fā)生長(zhǎng)階段僅在毛干角質(zhì)層表達(dá)，在斑禿患者皮膚和毛囊中表達(dá)減少。最后，九游會(huì)j9發(fā)現(xiàn)具有破壞性的KRT82突變體和KRT82表達(dá)降低導(dǎo)致濾泡周圍CD8浸潤(rùn)升高。在這項(xiàng)工作中，九游會(huì)j9利用全外顯子組測(cè)序成功鑒定了一個(gè)重要的斑禿疾病相關(guān)基因KRT82，并揭示了導(dǎo)致毛干完整性破壞的罕見(jiàn)變異易感性的機(jī)制。

 

2 .全外顯子測(cè)序揭示原發(fā)性脊髓星形細(xì)胞瘤的突變圖譜

 

原發(fā)性脊髓星形細(xì)胞瘤（Primary spinal cord astrocytoma，SCAs）是一種罕見(jiàn)的疾病。關(guān)于SCAs分子譜的知識(shí)主要來(lái)自顱內(nèi)膠質(zhì)瘤，SCA的遺傳改變模式尚不清楚。本研究采集了51例SCAs的腫瘤組織樣本和血液配對(duì)樣本，利用全外顯子組測(cè)序技術(shù)，分析了51例原發(fā)性SCAs患者的單核苷酸變異（SNVs）和拷貝數(shù)變異(CNVs)等。結(jié)果表明，原發(fā)性脊髓星形細(xì)胞瘤具有與腦干膠質(zhì)瘤類似的體系突變特征。約50%樣本存在H3 K27M突變。其他的高頻突變?yōu)镠3F3A(47.1%)、TP53(29.4%)、NF1(19.6%)、ATRX(17.6%)和PPM1D(17.6%)。此外，在膠質(zhì)瘤中發(fā)現(xiàn)了三個(gè)新的驅(qū)動(dòng)基因:HNRNPC、SYNE1和RBM10。將體系突變映射到分析通路，結(jié)果顯示有3條常見(jiàn)的與腫瘤發(fā)生相關(guān)的通路存在各種基因變異（RTK/RAS通路、PI3K通路、細(xì)胞周期通路）。另外，該研究還發(fā)現(xiàn)SCAs患者中出現(xiàn)的一些其他突變(SLC16A8 rs2235573, LMF1 rs3751667, FAM20C rs774848096)?？偟膩?lái)說(shuō)，該研究為原發(fā)性SCAs的分子圖譜提供了關(guān)鍵的見(jiàn)解，這可能代表候選藥物靶點(diǎn)并補(bǔ)充膠質(zhì)瘤的分子圖譜。
 

脊髓星形細(xì)胞瘤體細(xì)胞突變譜
 

 

參考文獻(xiàn)

[1] Erjavec S O, Gelfman S, Abdelaziz A R, et al. Whole exome sequencing in Alopecia Areata identifies rare variants in KRT82[J]. Nature Communications, 2022, 13(1): 800.

[2] Cheng L, Zhang F, Zhao X, et al. Mutational landscape of primary spinal cord astrocytoma[J]. The Journal of Pathology, 2023.

 

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